市場與支持 News
蛋白質激酶家族是目前抗癌藥物開發最主要的研究目標,磷酸化修飾組學廣泛應用在癌癥研究中,監測癌癥的磷酸化修飾組變化有望為激酶抑制劑的優化治療提供指導。然而,由于手術后缺血對樣本的影響或建立模型時癌細胞特性的變化,監測的數據可能不能準確反映患者體內的磷酸化修飾組狀態。相比之下,內鏡下取活組織樣本可實現快速冷凍保存,為臨床磷酸蛋白組學提供了新的思路。今天介紹的這篇文章,于近日發表在國際專業學術期刊Theranostics上。研究人員報道了一種基于胃癌內鏡下活檢術的磷酸化蛋白組學研究方法,表明通過胃鏡活檢的磷酸化修飾組學分析能夠幫助在臨床上更準確的監測治療性激酶的活性,并最終成為精準醫療的有用工具。1、基于內鏡活檢的磷酸化蛋白組學分析方法研究人員對5個胃癌患者進行腫瘤活檢和正常胃活檢,運用TMT標記定量進行優化的磷酸化蛋白組學(質譜策略),對采集到的同一患者的內窺鏡腫瘤/正常胃粘膜組織樣本(樣本策略)進行定量比較。圖1 本研究的實驗方法綜述2、磷酸化蛋白組學分析結果研究者從內鏡活檢樣本中鑒定到了4034個磷酸化蛋白質和14687個磷酸化位點,是以往穿刺活檢樣本的磷酸化組學研究鑒定位點的2倍,表明研究所用的分析方法擁有很高的鑒定深度。比較來自癌組織和正常粘膜的樣本,研究發現兩者間磷酸化信號差異顯著,癌組織中DNA損傷反應(DDR)相關的通路顯著富集。表明內鏡活檢能夠準確反映組織中癌細胞的致癌...
發布時間: 2020 - 03 - 18
擬南芥(Arabidopsis thaliana)作為最為廣泛應用的模式植物,在分子遺傳學、植物學以及農業科學的研究中發揮了重要的作用。對擬南芥的研究豐富了我們對植物生物學的理解,并影響了生命科學的眾多其他領域。擬南芥基因組測序早在2000年就由國際合作完成,也是第一種完成全基因組測序和分析的植物,此后科研人員進一步在基因組和表觀基因組水平上對其自然變異進行研究并取得了一系列重要成果。然而作為生物學過程的主要執行者,蛋白質組在擬南芥中的研究卻遠沒有那么全面。2020年03月11日,德國慕尼黑工業大學Bernhard Kuster研究團隊及合作研究人員在Nature上發表題為Mass-spectrometry-based draft of the Arabidopsis proteome的論文,研究者對擬南芥的30種組織進行蛋白質組、磷酸化修飾組以及轉錄組的定量分析,共鑒定到了18210個蛋白和43903個磷酸化位點并系統地揭示了蛋白質復合體的組織特異性和磷酸化調控的信號通路,是目前擬南芥蛋白質表達豐度與磷酸化翻譯后修飾最為系統全面的研究。研究者首先通過非標記定量蛋白質組學和RNA-seq對擬南芥30種組織樣本進行分析。RNA-seq一共檢測并定量到27655個蛋白編碼基因,質譜一共定量到18210個蛋白,占基因組的66%并遠高于已有研究數據。進一步,作者通過IMAC技術富集磷酸化多...
發布時間: 2020 - 03 - 18
ROS和氧化還原信號的失調是導致組織隨年齡增長而生理衰退的潛在原因之一。翻譯后修飾調節過程中產生活性氧(ROS)和相關物質,這些物質通過半胱氨酸的共價修飾來調控蛋白質的功能。半胱氨酸氧化反應快且可逆,是蛋白質的功能和定位的關鍵調控機制。但ROS修飾的靶蛋白在體內介導的組織特異性生理機制尚不清楚。2020年3月5日,國際頂級學術期刊Cell在線發表了美國哈佛醫學院Edward T. Chouchani團隊最新研究成果。在該研究中,研究人員開發了Oximouse,一個全面的小鼠半胱氨酸氧化還原蛋白組學圖譜,揭示組織內的半胱氨酸氧化還原網絡具有組織選擇性。此外,研究人員還全面鑒定了氧化還原修飾的疾病網絡,為氧化還原失調和組織衰老之間長期存在的聯系建立了系統的分子基礎。1、高深度半胱氨酸氧化蛋白組學研究研究人員通過合成半胱氨酸反應性磷酸標簽(CPTs)化合物去標記細胞裂解液以達到提升半胱氨酸氧化蛋白組學檢測深度的目的。作者開發了一種全蛋白組范圍內對可逆氧化的硫醇進行標記的策略,結合TMT標記技術,達到在一個實驗中同時分析多個生物學重復的目的(組學策略)。作者從16周齡和80周齡的雄性C57BL/6J小鼠中各取10個器官(樣本策略)來測定活組織中蛋白半胱氨酸氧化綜合譜圖。實驗結果揭示盡管氧化還原蛋白組在各組織中具有相似的體居群特征,但每個組織中許多高度修飾的位點表現出組織特異性。圖1、高深度...
發布時間: 2020 - 03 - 16
蛋白質磷酸化是生物體中較常見的一種蛋白質翻譯后修飾方式,它可以通過激發、調節諸多信號通路進而參與調控生物體生長、發育、逆境應激、疾病發生等多種生命過程,所以磷酸化一直是生物學研究的重點與熱點。但是基于DDA分析的定量磷酸化蛋白質組學正面臨著檢測通量和定量穩定性等方面的突破。雖然DIA技術的發展,提供了更為穩定的定量結果,但是其應用于磷酸化等修飾組學檢測一直比較困難。這一困難的核心,在于譜圖解析的困難,不但需要預先建立參考庫,而且在修飾位點的錯誤定位問題上也沒有很好的解決方式。2020年2月,哥本哈根大學Jesper Olsen在國際專業學術期刊Nature Communications報道了一種快速且穩定實現磷酸化高通量分析的方法——基于directDIA的高深度定量磷酸化蛋白質組學。在該研究中,使用directDIA方法可以不用預先建立參考庫,擁有更加準確的定位信息,并且可以在15min的短梯度內鑒定超過20000個磷酸化肽段,極大提高了磷酸化檢測的通量、深度和平行性。1、DDA和DIA、dDIA定量磷酸化蛋白質組學深度的比較在本文中,作者應用DDA的最佳實驗方法,即15分鐘LC-MS/MS梯度進行后續對比,分別鑒定出DIA洗脫組前體和磷酸肽的數量分別是DDA肽譜匹配和磷酸肽數量的三倍(圖1b),且DIA顯示重復之間的磷酸肽鑒定有明顯更高的overlab(圖1c,d),DIA的相...
發布時間: 2020 - 03 - 16
近日,植物學領域專業期刊The Plant Journal發表題為Expression of a dominant-negative AtNEET-H89C protein disrupts iron-sulfur metabolism and iron homeostasis in Arabidopsis的論文。美國密蘇里大學Ron Mittler團隊基于timsTOF Pro質譜儀的4D蛋白質組學以及靶向蛋白質組學,結合轉錄組學分析,對擬南芥中AtNEET蛋白的功能進行深入探討,揭示了AbNEET蛋白在擬南芥中調節鐵-硫代謝和鐵穩態中的重要作用及分子機制。鐵-硫(Fe-S)簇在植物的多種代謝和調節通路中都發揮著重要作用。它們在細胞內的合成和調動受到非常嚴格的調節,保護和區域劃分。最近發現了一組哺乳動物中的2Fe-2S蛋白,稱為NEET蛋白,它們被認為通過調動2鐵-2硫(2Fe-2S)簇從線粒體向細胞質轉移在很多人類疾病中扮演重要角色。AtNEET蛋白是擬南芥NEET蛋白家族中唯一的成員,可定位在植物細胞的線粒體和葉綠體中,被猜測在保持擬南芥鐵元素和活性氧(ROS)穩態的過程中發揮重要作用。盡管擬南芥AtNEET蛋白可能與人類NEET蛋白在功能發揮層面有一些相似性,但是關于它在植物中的具體功能仍不清晰。本文中,研究人員發現擾亂AtNEET的功能將破壞2Fe-2S簇從葉綠體2Fe-...
發布時間: 2020 - 02 - 28
SUMO化修飾是一種普遍存在、動態可逆的蛋白翻譯后修飾類型,雖然修飾過程與泛素化過程很相似,又稱為“小泛素化”,但是SUMO化修飾具有與泛素化修飾截然不同的功能。泛素化修飾的靶分子主要被蛋白酶體降解,而SUMO化修飾介導靶分子定位與功能調節。SUMO化循環過程與泛素化循環過程相似,包括活化、結合、連接、修飾和解離等過程,其修飾過程涉及SUMO活化酶(E1,包括Aos1和Uba2)、SUMO結合酶(E2,包括Ubc9)和SUMO連接酶(E3,包括PIAS、RanBP2和PC2)。PIAS1(protein inhibitor of activated STAT1)蛋白是一種可以抑制信號轉導與轉錄激活子1(STAT1)的特異性抑制蛋白,同時具有SUMO連接酶E3的活性,參與多種轉錄因子的活性調控和多種蛋白質的SUMO化修飾。PIAS1在腫瘤細胞的生長進程中具有關鍵作用,并可因不同類型的腫瘤而發揮促進或抑制腫瘤進展的作用,是癌癥治療的一個重要潛在靶點,并可作為抗炎因子調節炎癥細胞粘附和抑制炎癥損傷。在肺癌、前列腺癌、乳腺癌、淋巴瘤等腫瘤中,PIAS1可以通過促進DNA修復,促進腫瘤細胞的增殖和轉移,抑制腫瘤細胞的凋亡等作用,正向調控腫瘤的發生發展。而在依賴MAPK信號途徑激活而實現細胞快速增殖的腫瘤,如胃癌、結腸癌等中,PIAS1可通過抑制MAPK信號途徑從而抑制腫瘤的進一步發生發展。然...
發布時間: 2020 - 02 - 28
腫瘤細胞轉移進入顱內結構和腦脊液是晚期黑色素瘤最嚴重的并發癥之一。多達5-7%的黑色素瘤患者會出現軟腦膜黑色素瘤轉移,這些患者的預后很差,通常平均存活8-10周。當前對于軟腦膜黑色素瘤轉移(Leptomeningeal Melanoma Metastases,LMM)患者的腦脊液(cerebrospinal fluid,CSF)環境幾乎一無所知,難以制定有效的治療策略。日前,國際專業學術期刊Clinical Cancer Research( IF=8.911)在線發表了美國佛羅里達州坦帕市莫菲特癌癥研究中心團隊的最新研究成果“Proteomic analysis of CSF from patients with leptomeningeal melanoma metastases identifies signatures associated with disease progression and therapeutic resistance”。 研究人員運用系統的蛋白質組學方法對來自軟腦膜黑色素瘤轉移(LMM)患者的腦脊液樣本進行了分析,研究首次發現LMM患者的腦脊液與沒有LMM的患者在生物學上是不同的。研究指出LMM微環境的了解將有助于開發能夠延緩疾病進展的新治療策略。此篇文章中,研究人員對來自黑素瘤軟腦膜轉移患者的腦脊液標本進行了分析。使用TMT標記蛋白質組學定量技術來...
發布時間: 2020 - 02 - 17
2019年諾貝爾生理學或醫學獎授予了在細胞感知和適應低氧(稱為hypoxia)領域取得突出貢獻的三位科學家。越來越多的研究顯示,低氧參與到包括腫瘤,感染,局部缺血和炎癥等疾病的發生發展中。圖片來源:諾獎官網低氧誘導因子1α(HIF1α)是應答低氧調控的關鍵轉錄因子,它在低氧條件下表達穩定并能入核調控下游基因的表達。除此之外,炎性因子和微生物感染能激活免疫細胞并誘導糖酵解發生,同時也會活化HIF1α[1]。已有的研究表明,在巨噬細胞和樹突狀細胞的炎癥激活過程中,HIF1α和糖酵解途徑的代謝物能夠促進炎癥。同時,低氧和炎癥激活伴隨的糖酵解通路活化能夠增加乳酸的產生和釋放并促進細胞外環境的酸化,而高濃度的乳酸可以轉運到細胞內作為底物被代謝。細胞感知和適應氧氣變化機制示意圖之前的研究表明,乳酸會增加T helper 1細胞的分化和干擾素γ(IFNγ)的產生[2]并促進腫瘤相關巨噬細胞(TAMs)的M2樣極化以及VEGF表達[3],因此有研究者提出假設,乳酸是否可能通過多種機制抵消HIF1α和糖酵解代謝產物所帶來的炎癥反應進而促進細胞穩態?令人興奮的是,關于該假設的研究近些年來取得了突破性的進展。2019年12月9日,免疫學領域專業期刊Nature Reviews Immunology 以“Year in Review”系列專題形式,發表題為The hypoxia–lactate ...
發布時間: 2020 - 02 - 14
O-糖基化修飾(O-GIcNAc)是一種動態可逆的、普遍存在的蛋白質翻譯后修飾,廣泛參與到諸如轉錄調控、細胞代謝、信號轉導、蛋白降解等生物進程。糖基化蛋白通常位于細胞表面且容易分泌到循環系統中,具有作為疾病診斷生物標志物的巨大潛力。近日,來自國家蛋白質科學中心( 北京)、中國軍事科學院軍事醫學研究院生命組學研究所錢小紅團隊、秦偉捷團隊合作,發表了一種新的集成數據處理策略,基于參考庫的MS1特征匹配和MS2識別傳播,可快速識別、高深度和可重現的無標記的人類尿液O-糖基化定量蛋白質。這種策略將數據庫搜索速度提高了20倍,并使單個樣品中完整O-糖肽定量提高了30%-40%,重現性明顯提高。運用該集成數據處理策略,作者共在36個健康的人類尿液樣本中鑒定出1300個完整的O-糖肽,缺失數據量減少了30%-40%。這是目前尿O-糖蛋白組學的最大數據集,證明了這種新策略在大規模臨床研究中的應用潛力。相關研究成果發表在專業學術期刊Analytical Chemistry上。尿液樣本糖基化組學分析流程圖糖基化作為最復雜的蛋白質翻譯后修飾之一,蛋白質組中絲氨酸和蘇氨酸殘基的廣泛存在,以及數十種不同的O-聚糖類型,導致糖基化的數據庫搜索需要非常長的時間。搜索典型的尿液O-糖蛋白組的原始MS文件包含120多個MS2譜圖,需要花費120多個小時,即使將O-糖肽譜圖整理出來,仍需要60個小時。除此之外,由于完...
發布時間: 2020 - 02 - 13
眾所周知,已知長期高鹽飲食會增加患高血壓的風險,進而發展導致心血管疾病和慢性腎臟疾病。高血壓與腎病存在密切聯系,一方面,腎臟實質性病變和腎動脈病變導致血壓升高,這種關聯性疾病在繼發性高血壓中稱為腎性高血壓(renal hypertension)。另一方面,慢性腎臟疾病有三分之一由高血壓導致,長期高血壓將造成腎臟不可逆轉的器質性損害,導致尿中蛋白質增加,從而引發高血壓腎病(hypertensive renal disease)。不管是患有腎病還是患有高血壓都會有可能誘發另一種疾病的出現,但人們對其中的具體機制知之甚少。近日,在國際專業學術期刊Science Signaling上發表了一篇采用整合蛋白質組學聯合分析的手段研究高血壓-腎病轉換的文章,德國科隆大學的Gary Siuzdak課題組對高鹽飲食誘導的高血壓模型大鼠腎臟組織進行蛋白質組學、磷酸化修飾組學和代謝組學分析,揭示了高血壓引起腎小球硬化的代謝變化,包括在疾病早期階段的脂質分解和激活貧血通路,提示通過飲食干預代謝能夠有效防治高血壓引起的腎臟疾病。研究速讀1. DDS大鼠模型與非靶向代謝組學分析研究人員首先建立了一個具有高血壓和蛋白尿特征的大鼠模型(Dahl salt-sensitive,DSS)。首先,研究者使DSS大鼠日常攝入4%的過量鹽分,7天后僅觀察到血壓升,隨后至21天血壓持續上升并伴有腎損傷。對高鹽飲食早期(7天)...
發布時間: 2020 - 02 - 13
82頁次1/9首頁123456789尾頁
新聞推薦 NEWS
Copyright ?2018-2020 杭州景杰生物科技有限公司
犀牛云提供云計算服務
X
合作
交流
1

QQ設置

3

SKYPE 設置

4

阿里旺旺設置

等待加載動態數據...

等待加載動態數據...

5

電話號碼管理

  • 400-100-1145
6

二維碼管理

等待加載動態數據...

等待加載動態數據...

展開
合作交流
填寫信息,我們的專屬學術顧問將為您解答疑問!
上海十一选五走势图一定牛 青海快三跨度走势图中华网 广西体彩十一选5规则 广东11选5app 江西多乐彩任三遗漏 黑龙江十一选五遗漏统 各种棋牌类游戏 股票指数行情是什么意思 河南11选五5开奖结果 北京快三今天预测号 浪潮软件股票 浙江11选5高频500彩票 辽宁快乐12玩法介绍 股票指数期货的定义 陕西11选五任5最大遗漏 浙江飞鱼期本走势图 中国融资配资网